警方收到有关毒品交易和运输军火的两个情报，但地点和时间相同，警队多个部门合力拆解，在现场搜获无人导弹潜艇，怀疑事件与国际犯罪组织有关。事后处长计划集合警队的精英成立特殊团队应对，由飞虎队的骆家成带领。

成挑选栋，龙，然，楠，敏加入正规编制以外的特殊小队—A队，首个任务是调查无人导弹潜艇案。栋从闭路电视片段成功找出目标，敏跟踪时却差点被发现，龙到物流公司向飞套问线索不果，后经军情六处确认，目标是叛谍。

湾仔发生枪战，龙等人先后赶到现场，唯Kyle逃脱，事后他突然自首提出请求，遭警方拒绝。业约见成和栋，二人对枪战一事三缄其口。华一家遭俄国特工抓走，飞赶去营救不果。荣接到命令要遣返Kyle，让飞虎队做好押送工作。

国栋尝试唤醒Kyle的良知，Kyle临走前暗示国栋经过特工训练，一旁的文龙对国栋身分起疑。最后Kyle留下一串数字，国栋等人得以找到一个地下军火网站。家成通知大家，A队将暂时收编到飞虎，继续进行秘密行动。

文龙想让浩然重拾枪械，但浩然始终摆脱不了对开枪的阴影。国栋回英国探望父母，昔日好友邀他回军情六处，但他拒绝了。家成要求国栋保护网上线人回港，两人以香味为记号，在旧生聚会上接触，国栋亦在聚会上重遇皓月。

家成取得可靠情报，有恐怖分子打算以香港作为军火买卖基地，涉嫌盗用市民信用卡资料网购军火，借用物流公司运送拆散的军火组件。飞虎队遂火速展开行动，阻截大量金属球军火流出市面。

国栋，文龙和浩然合力阻截罪犯的车辆驶进市区，展开连场追逐战。敏仪父母回港居住，处理公司上市事宜，原来其父欧阳正回港另有原因。文龙安排嘉楠做神秘嘉宾庆祝干妈兰姨六十大寿，嘉楠离席后对文龙献吻，表达爱意。

永飞在兰姨生日当晚致电她却没说话。线人TOM向家成求救，在家成等人到达时被击毙，家成等人与狙击手展开枪战。正吩咐莹叫永飞跟日本人交易毒品蓝梦，永飞将消息通知关Sir。文龙探望兰姨后见嘉楠，嘉楠劝他放下过去。

飞虎队到国栋家里聚餐联谊，志强知道了文龙原来是章明的儿子。联义幕后老板命永飞跟日本毒贩进行交易，重案组与飞虎队联合行动，莹怀疑永飞出卖老板，国栋突然出现，永飞趁乱逃脱，国栋亦取得永飞皮肤上的条形码纹身。

敏根据条形码追踪到交易账户，时莹已抢先一步更改连结。飞要求复职被拒，始知自己是线人而非卧底。为了逼飞现身，莹以兰要挟，飞托龙救母，唯兰仍告重伤，飞束手就擒，龙，栋分别前往营救，成则带领飞虎队整装待发。

龙和栋进了干扰区而一度失联，幸好最后仍成功将飞营救，唯龙中了枪，飞的双腿亦受重伤。欧阳正找温海利用传媒制造舆论，逼处长回应飞的身分，阿关为自保，竟向传媒宣称飞并非卧底。

浩然派人跟踪温海，但被发现，欧阳正也察觉出异常，和温海保持距离。家成承诺会帮永飞，但他心灰意冷，随后文龙给他看兰姨的录像，终于劝服他肯重新振作。Sam决定亲自去香港调查，谁料回家竟发现父母被胁持。

警方在堕楼案死者体内发现高浓度吐真药，怀疑与特工有关，死者女友Jean是阿栋的旧同学，阿骆得到处长批准暗中调查。一晚阿栋回到案发现场时发现有人，一名女特工就擒，其后在接受盘问时身亡，处长命令停止追查。

正问海关于成的事情，保安局局长与荣商讨处理特工死亡之事；飞出院前向兰姨倾吐心声。Jean用Jimmy账号登入游戏，神秘人留言，栋请然帮忙找出此人。Jean与Robert接头后跟栋见面，互诉秘密。然想调回前线，但婷反对。

月遭俄国特工追踪，求助于栋，栋在枪战期间受伤，然将特工击毙；荣因事件造成死伤受到上级压力，A队被迫解散。荣与成在医院见面被偷拍，海怀疑警队有特别小组。正邀强合作做生意，强婉拒，正不悦，突提起莱之事。

学荣和家成找到办法让永飞回去警队，但首先要证明永飞真的是卧底，阿关却拒绝帮忙。永飞双腿失去知觉，自暴自弃，嘉楠终於来见他，并叫他不要放弃。国栋对当年的军火走私案和章明的死有所怀疑，向逸敏打听文龙的事。

飞跟龙和楠谈过後，决定不再自暴自弃，好好的重新做人。贺进在慈善拍卖酒会上高调竞投，引起了欧阳正的注意，遂找温海暗中调查贺进的底细，然而贺进身分，背景都相当神秘，海言谈间更提及偷拍到敏仪与家成交往。

欧阳正旗下公司收到恐吓，股东要他回来解决，他找到志强告知天莱可能没死。文龙找国栋谈当年史密夫案，但国栋并未查到有用证据，文龙更怀疑父亲的死和志强有关。Sam告诉布朗自己转做摄影师,暗中拍下他和家成照片。

文龙锲而不舍调查志强，逸敏发现龙父的军牌刻字有玄机。栋母病发入院，志强把当年与龙父和欧阳正的事告知国栋，一帮雇佣兵到医院找志强，志强为保护家人而自投罗网。林慧突然叫敏仪逃到美国，敏仪离家前给家成留言。

进以慧和仪的安全要胁正把财产转到慧名下，正向成暗示慧和仪被人抓走。龙想打开父亲的银行保险箱，为没有搜查令而苦恼。正要Ryan一天内帮他把资产套现，Sam向栋提出合作调查进。进说出自己是莱，强告诉他斌已死。

为救出人质，成向荣提出重组A队，并邀请飞加入行动。正想利用警方对付莱，莱严阵以待。龙和敏打开了明的保险箱，通过当票找到一张四千萬的本票。成和布朗采取双指挥战术拯救人质，正单刀赴会，莱趁机清算当年的帐。

飞虎队成功救出敏仪等人，贺进杀了欧阳正并且逃脱，志强则为当年的事自首。文龙与逸敏正式交往，被嘉楠看见，文龙坦言从来没喜欢过嘉楠，但是两人永远是好朋友。Sam告诉国栋志斌还活着，而且被俄国特工盯上了。

国栋为了寻找弟弟的下落，找来浩然帮忙，浩然答应帮忙及保密，但提醒国栋向他透露弟弟下落的人甚有可疑。敏仪在父亲死后伤痛欲绝，医生指她患有创伤后遗症，她决定跟妈妈到美国暂居，只好无奈跟家成暂时分开。

一个自称是志斌朋友的人致电国栋，告诉他志斌等人研发的芯片相当危险，所以各国特工才要抓他们。上级对Sam施加压力，Sam以Jean父母相要挟要她继续执行任务。Jean在国栋家中翻查一无所获，离开时竟见国栋人在门外。

家成向学荣汇报有人企图攻进A队主计算机，而黑客来自全世界，最坏的打算是要跟军情六处正面交锋。逸敏发现A队主机里有隐藏程序，浩然带领众人抵抗对方追踪。家成得悉志斌尚在人世，国栋打算经线上游戏相约志斌见面。

慧拒绝跟进离开而被杀。英国特工与进带着的雇佣兵为抢夺斌而展开枪战，进把斌抓走，并认出斌，栋负伤逃离。保安局启动紧急应变机制，成当上副处长，成为临时总指挥调查事件。Sam任务失败，查出潜伏的双重间谍是Kevin。

成替栋处理伤口，令栋脱险。芳病逝，众人难过。仪接连失去双亲深受打击，医生建议她离港。莱得知斌的秘密，为了救斌，答应成引出恐怖分子；成想通过斌将各路人一网成擒，栋答应配合行动，但要龙杀Sam，龙一口拒绝。

国栋为了让Sam答应救志斌，只好兵行险着，向皓月开枪。虽然文龙赶到现场接应，但皓月术后仍昏迷不醒。Sam透过卫星系统找到志斌的位置，贺进答应救出志斌后，芯片归Sam。此时，志斌利用偷来的手机悄悄联络上国栋。

Jaser痛打天莱，扬言志斌若无法完成晶片，会送其去无人岛。家成请处长帮他拖时间，以搜集军情六处在港执行任务的证据。志斌找机会传定位给国栋，家成让国栋通知Sam前来。一番混战後，Sam受伤，志斌获救，天莱逃脱。

家成希望获特首授权到领事馆进行交涉保护志斌，特首顾全人类安全而答应。朱议员和温海利用浩然的妹妹获得证据打击警队特别小组，特首要求解散A队。家成安排志斌拍片公开一切，接著志斌被抓走，而要抓他的人竟然是。