乔伊像个巨大的熔化器，所有他周围的金属都会很快熔化。他身体出现的异能，不但让路人恐惧，也让他自己感到莫名其妙，并且害怕。这时，一辆车停在他面前，黑色行动队出现了，这些人用枪对准了他，并让他举起手来。还没等乔伊有进一步的反应，他们手里的枪已经开始熔化，乔伊趁机逃走，躲在小巷里。但很快乔伊又被黑色行动队的人发现了，正惊惶失措，黑色行动队的人突然像被狂风吹跑了，原来是神盾特工队赶到了，他们及时救下他来，神盾特工队的黛西，就是斯凯，她现在改名叫黛西。她说服了乔伊跟他们走，并让他进了一间封闭房，这间房突然腾空而起，将他带到了神盾局的空中飞行器中。随后，黛西向乔伊解释了发生在他身上的怪事，因为她也曾经历过同样的事，也拥有着异能。菲尔在拍下黑色行动队幕后神秘女人后，也赶了回来。他跟黛西庆幸着总算救下了第一

同事们发现菲兹闯进了巨石封闭室，急忙赶去，将他及时拉出来，又封闭了巨石。这时，菲兹发现自己手上有砂，这砂看起来很寻常，但却比地球上的早十亿年。神盾特工队的人一起猜测，这巨石应该就是个传送门，通往宇宙的另一星球，而西蒙斯应该是被带到了那里，她还有活着的希望。新的发现让特工队的同伴们迅速行动起来了。亨特一直记着要抓回沃德的事，他打算潜入九头蛇，伺机复仇。正是因为沃德那一枪，为了保护自己，女友芭比被轰掉了半个肺，差点送了命。芭比也想去，但她还没有伤愈，亨特不想女友再冒生命危险卷入这件事。亨特设法找到了梅，她也同样对沃德怀有仇恨。亨特请她为他弄个假身份，然后打入九头蛇内部。沃德正在设法夺取九头蛇的权力，他带人抓住了九头蛇前领袖的儿子沃纳，用各种方式逼迫他妥协。没想到沃纳并不像他想的那样孬种，始终不肯

林肯施展异能，总算逃脱了黑色行动队的追捕。但黑色行动队所属的ATCU组织将他的照片和信息全国发布，称他是外星杀人犯。黛西打电话给林肯，想帮助他。可林肯马上挂断电话，并摔碎手机，去掉了身上被神盾局埋下的联络跟踪器。亨特和梅去找能帮他们联系到九头蛇组织的斯巴德，探听到了有用的信息。西蒙斯重返之后，由于长期呆在了另一个星球，身体机能发生了一系列变化。为了帮她恢复，菲兹带她去实验室转转，结果当她看到曾用来做传送门的巨石，现在虽已经碎裂成一堆石头，还是产生了反应，她曾经最爱的实验室也让她感觉不适。大家知道她有很多事没有说出来，比如，她是如何独自在另一个星球活下来的。但大家尊重爱护她，决定等待，到她自己想说的时候再听。林肯躲到了一个朋友家，但当朋友从电视上得知他就是那个外星杀人犯，于是打了热线电话。林肯

阿丽莎告诉异能人朋友西恩和罗莉夫妻，说泰瑞根泄露了，正说着，那个攻击过林肯的怪物来了，又攻击了阿丽莎的朋友并杀死了他们。阿丽莎也受到了攻击负伤，但身负异能的她，瞬间回到了神盾局，她的异状引起了菲尔的注意，菲尔急忙询问阿丽莎怎么了，得知了情况。赶紧派了黛西迈克赶去追踪怪物，结果两人最后跟罗莎琳的ATCU黑色行动队遭遇了，菲尔也在，双方不快地同时放下了枪。菲兹和芭比在查死亡的那对夫妻的现场，并找到了线索。黛西分析后发现，原来那个怪物是靠电邮定位袭击对象的。菲尔让他们将这个情报分享给ATCU，以期能互换情报。加纳劝告菲尔不要让阿丽莎出外勤，他认为这些异能人情况不明，可能有些还是有问题的，比如阿丽莎，但菲尔没听。两人正在谈话时，梅找来了，加纳跟梅曾是恋人关系，气氛顿时有点尴尬。梅是请菲尔劝亨特的，亨

西蒙斯开始回忆当时发生的一切：半年前菲兹与西蒙斯约好一起吃晚饭后，西蒙斯带着略喜悦的心情去检查巨石，发现巨石门锁被打开了，然后被巨石吞入丢进了一个陌生古老的沙漠星球，在起初的惊慌和错愕过后，她发现这是个长年不见太阳，周遭也没有明显动植物活动迹象的沙漠星球，西蒙斯开始尝试以乐观和自己的科研态度去缓解自己的紧张情绪，并以手机开始语音报告周围的状况，但几天过后，随着时间的流逝，西蒙斯开始怀疑是否能够得救，并开始出现激动，压抑，崩溃的状态，她离开了投放进入的位置，开始去寻找水源和食物，并在经历了沙暴后找到了一个寄生着触手般植物的水源，通过冒险捕猎暂时解决了饮食的问题。过了一段时间，西蒙斯偶尔间竟掉入了一个地底的人造陷阱里，她发现在这个地底下居然有一个男人的存在，那个男人与西蒙斯在彼此试探了几次后得到

亨特刺杀沃德失败，间接导致安德鲁被伪装成学生的九头蛇成员沃纳袭击，但是安德鲁却侥幸逃了回来，他告诉梅是寇森暗中派遣的手下救下了他，任务失败的亨特被命令不得再参与沃德的追杀任务，而芭比则经受了梅的突击测验，梅认为芭比已经恢复到了足够出任务的程度，两人组成队伍去追击沃纳的踪迹，而沃纳此时则躲入了父亲以前部下的庇护。另一方面，闲极无聊的亨特去调侃菲兹打算救回西蒙斯未婚夫的举措，却被菲兹拒绝了无聊的举措，并与黛西和麦克一同侦察鞭笞的身份，却不料追踪到了菲尔和ATCU首领的私下会面，并得知ATCU一直在追捕和医治异人。与此同时梅和芭比找到了沃纳的所在地，却不料沃纳遭到了出卖，九头蛇的人先一步找到并折磨了沃纳，恢复了身手的芭比击败了沃德的副手，而梅从沃纳口中得知了一个惊悚的事实：当时救了安德鲁的人并非是

菲尔、黛比和加纳一起，讨论着ATCU将异人族冷冻起来的事。黛比表示反对，她希望异人们也能有机会选择做自己。加纳冷冷地跟在他们后面听着，然后插话说赞成菲尔，说不是所有的异人都像你一样学会了控制自己的力量。菲尔提到了下午要和总统有一个秘密会面，以ATCU成员的身份和罗莎琳一起，并说了会面地点。菲尔还提到如果黛西能说服罗莎琳，事情会好办些。加纳说他可以及时将乔伊的报告交过来作证明。因为乔伊发现了自己的的异能之后，非常担心伤害到别人。黛西带罗莎琳参观神盾局的飞行器，并告诉她，她觉得更好地对待异人的方法。不是冷冻他们，而是教化他们。罗莎琳并没有被她服。西蒙斯将她的手机交给了菲兹，她用它记录了在另一个星球发生的一切，现在它损毁了，想看看菲兹能不能帮它复原。菲兹成功地复原了手机的资料，看到西蒙斯跟威尔依偎

沃德和原九头蛇高层马利克一同进餐。马利克是活下来的唯一元老,他出卖了沃纳向沃德示好,但正因此事,沃德并不信任他的人品,认为是他控制了九头蛇的密室,那密室据说是九头蛇的力量源泉。席间,两人话里藏刀,马利克离开后,他的人袭击了沃德,但全被沃德制服。沃德要利用他俘获的人进入密室。然后他赶往了在德国普策科的密室。加纳也被冷落起来放入了罗莎琳的基地,梅心里并不好过,所有人都感受到了这一点。林肯倒是能安心地睡个觉了。黛西劝他尽管找好自己的位置,因为神盾局并不会留着一个到处闲逛的人。菲尔跟罗莎琳越走越近,这引起了迈克的忧虑。他找到菲尔询问两人的关系,菲尔却说这是他自己的私事,虽然他并不完全信任她,但他想一探究竟,看她是不是值得信任,他决定带她前来他们的秘密基地。其实,菲尔也想借机打入罗莎琳的ATCU组织,

菲尔听到ATCU和九头蛇马利克的关系后，和罗莎琳进餐时，他担心起罗莎琳的安全。罗莎琳说ATCU是她的地盘，不会有什么问题。话未说完，一颗子弹穿透了玻璃，罗莎琳咽喉中弹倒地而亡。射中她的是沃德。菲尔接到了沃德的电话，他告诉菲尔，这是为了让他感受一下心爱的人死在面前的心情。而且因为神盾局总是派出最优秀的特工前来暗杀他，所以，他也派人前去杀他了。菲尔好容易突围出来，跳上了迈克迎接他的车。顾不上管罗莎琳了，菲尔心情沉重地返回了神盾局。他开始在神盾局内动员调查沃德，让他们说出记忆中关于沃德的一切。他甚至问到了梅和沃德上床时，沃德透露出的个人经历。沃德显然和神盾局的很多人都有很深的渊源。他救过西蒙斯，和菲兹相处得像兄弟，爱上过黛西。菲兹一一地了解着这些事。黛西告诉菲尔，沃德很容易被一个强有力的父亲似的人

在传送门最后关闭的瞬间，菲尔从空中飞过，直坠入传送门，也来到了异星球塔图因。但他沿着山坡滚动下来时，头磕到了一块石头上，晕了过去。清醒过来后，他给手枪装好了子弹。沃德率人和菲兹在异星球上边走边观察着，菲兹借机想将沃德的手枪抢过来，却被防范甚严的沃德识破。为了逼菲兹配合行动，沃德警告菲兹，如果六小时后他们不能完成任务，带那个怪物回到地球，那么西蒙斯就会被折磨致死。芭比黛西和迈克在商量在到底应该怎样行动，是先救菲尔，还是攻进九头蛇救出异人们，还是拿下传送门。新加入战队的异人乔伊倾听着他们如何商量。迈克最后做出了最终决定，众人开始依言悄悄采取行动。菲兹总算找到了威尔的洞穴，两人刚刚见面，沃德也跳了进来。菲兹解释说威尔可以做他们的向导。这才使沃德打消了杀掉威尔的想法。威尔的一条腿受了伤，是当时帮西蒙

马利克坐在汽车里，正心事重重，突然车前方出现一个人，司机紧急刹车，马利克借着灯光看去，沃德正站在车前，面容僵硬而诡异，眼睛闪着幽光，手里拿着菲尔当时抛在他尸身旁的机械手。马利克突然明白过来了，这是异星球的神祗，附身于沃德来到地球了，不由得面带笑意。菲尔答应了和总统见面。见面后，总统高度评价了菲尔，说罗莎琳曾经谈起过菲尔，并建议总统和神盾局合作。现在情势紧迫，各地纷纷出现骚乱，必须得有所行动了。但因为公众们还有着以前神盾局事故的记忆，所以不便公开神盾局的存在，神盾局可以私下里行动，名义上还以政府ATCU组织的名义，总统将给ATCU派一个新领导，这位新领导将听命于神盾局。菲尔告诉总统马利克就是九头蛇，是他下令刺杀了罗莎琳。总统说这件事他帮不了菲尔，因为马利克插手了许多国家的事务，他动不了他，对他

菲尔打电话给新任ATCU长官格伦，可他既拒绝见面，也不想谈。菲尔只有跟踪他到机场见面，邀他一起去参加几国组织的异人研讨会，因为菲尔知道，马利克肯定对这样的会议不会袖手旁观，而且，也有必要了解到元首当中有没有储备异人的。格伦不承认菲尔是他的上司，也无意做搭档，他根本不想接总统交给他的这个差事。不快的气氛一直到菲尔提到了格伦的妻子卡尔拉和儿子乔治，才有所缓和。梅和林肯负责外围行动，保护菲尔的安全。克里尔是个轮胎异人，梅和林肯看见他出现在菲尔附近，急忙冲出去与他较量。克里尔的异能十分强大，梅和林肯联手才总算勉强将他制服，这时听到格伦说克里尔是保护他的。大家有点无法接受。因为克里尔曾是九头蛇的人，而且还杀过神盾局人员。可格伦说他已经变好了，外面有异能的人太多实在危险，他需要拥有一个自己的异能保护者。

芭比和亨特躲在机舱，一路跟踪马利克来到了天寒地冻的西伯利亚。从机舱里溜出来后，因为几个小时在密不透风的舱底躲藏，亨特的腿麻木得差点失了知觉。他俩成功地锁定了马利克的车队，抢了车尾随到了他们的秘密基地。按菲尔的命令，他们还得设法潜入，获取马利克来此的动机。正在观察着基地里正推出一个异能人时，两人被发现了。两人谎称采蘑菇时迷了路，还是没能蒙混过关，只得大打出手制服对手。黛西和迈克、梅坐飞行器也赶到了，芭比亨特告诉他们说，马利克和俄国几个内阁部长，要去看一个被用生物高科技控制的异人。大家决定潜入进去。芭比成功地潜入，并将现场信号传给了菲尔和梅他们。俄总理是反对建异能人庇护所的，他派了私人助理前来，结果被他的对立面，内阁部长派人给杀掉了。因为其中一位部长将军本身就是异能人。听到世界上居然有了第一位异

度假的迈克和弟弟惬意地聊着天，收拾着心爱的摩托车。这时，电视上播放了一则新闻。这是几个号称“监察者”的蒙面分子袭击ATCU大楼的新闻。因为特工局现在人手很缺，菲尔打电话给迈克让他就近赶往现场，寻找线索。听到迈克说要离开几个小时，本来准备共进午餐的弟弟，不能理解迈克的借口有点沮丧。迈克一直对弟弟假称是在一家保险公司工作。菲尔还派了黛西和菲茨赶去和迈克会合。林肯很想参加这次行动，但菲尔看了他的有关评估报告后没有同意。菲茨在现场发现了硝化物，将这个消息汇报给菲尔后，他们都意识到了这是前神盾局某特工干的，他的名字叫布莱克。菲尔尽管对林肯的评估报告不满意，对林肯做特工的决心，服从任务的意识等方面存在着担心，还是决定亲自带林肯参加这次行动，并借机观察其反应。迈克的弟弟还不起贷款，欠了一大笔债。迈克不理解

神盾局接到了自称埃德温的电话，他呼叫黛西，并且说九头蛇要来了，他就要死了。神盾局的人急忙赶去，黛西还在追问着商铺老板埃德温为什么说九头蛇要来了时，天空出现了九头蛇的飞行器，混乱的对抗中，埃德温被击毙了。黛西意识到躲在不远处的那个流浪汉查尔斯是异人时，九头蛇的飞行器已将流浪汉抓走。黛西只来得及抓了一下他的手。这时，黛西眼前也莫名地出现了神盾局同仁们惨烈一幕的惊人幻觉。看起来完全恢复的新沃德跟马利克会面。他追问马利克救他回来的原因，直言马利克是为了获得财富、权势之外的更强大的真正力量，并且将流浪汉带到了马利克面前。黛西告诉了同事们她看到的未来一幕。林肯满面是血，菲尔还拿枪对准了她。因为有前车之鉴，黛西说自己想改变未来。她要去救那个流浪汉查尔斯。菲尔却分析道，黛西身处这些幻像的中心，所以黛西应该留

马利克没想到沃德通过女儿，召集了九头蛇的核心成员集会。马利克见到沃德强颜欢笑，内心的不快被女儿看了出来。女儿问他缘由，马利克说他的手接触到异人查尔斯的手时，看到了自己痛苦无比的死亡，而杀他的人，正是新沃德。女儿斯蒂芬妮震惊之外，告诉父亲不能这么束手待毙，应该让沃德记起来，马利克是他的恩人无比重要，是他将他带到了这个星球。当马利克跟九头蛇的核心成员们谈话时，沃德出现打断了他，告知大家他就是那个九头蛇的上帝，现在，他从异星球的流放地回来了。菲尔让实验室研究明明被他杀死、现在却出现了的沃德到底是个什么玩艺儿。大家基本上已还原了事实，知道这个沃德是被那个异星球生物附体了，并且还拥有着沃德的记忆。大家猜测着它来到这个星球的目的，并且分析到它有可能通过转基因生物、农药毁灭全球的食物供应，而且还有准军事行

面对紧急情况，黛西召集了她一直秘密储备的战队。她和林肯率领乔伊和埃琳娜前往营救神盾局特工们。吉耶拉控制着神盾局的飞行器回到九头蛇的势力范围。梅身负重伤，失血很严重。队员们躲进一个舱里坚守，外面强敌环伺。这时，黛西她们赶来了，纷纷利用异能战胜九头蛇的敌人。林肯还抓到了马利克。不过，很快被那个眼镜异能警察卢西奥电晕，幸亏乔伊及时出手才扭转局面。特工们边设法抢救着梅，边尽力阻挡着敌人的进攻。黛西他们除掉了外舱门外的敌人，敲响了舱门。梅不顾重伤，驾驶飞行器返回神盾局。吉耶拉懊悔地向沃德说事情没有办好，沃德说飞行器里已经有他们的人混入了。黛西的战队们回忆着今天的胜利。菲尔审讯着马利克。马利克告诉了他沃德的真实面目，并提到他杀了自己的女儿。他还提到了菲尔不该对异人们过于信任，因为他曾犯了这样的错误，以前

神盾局乱作一团，菲尔的腿部也受了伤。测试结果出来了，黛西是唯一被感染的，其它异人暂时安全。迈克和梅担心地议论着，基地危险了，黛西随时可能带那个掌握了他们情况的蜂巢过来，临走前黛西还拿走了泰瑞根水晶和克里古人器物。菲尔正在抢修飞行器。他坚信黛西还是他们的一员，她只是被感染暂时成了人质。因为，他始终在心里将黛西当成女儿看待。黛西告诉新沃德，自己只要跟他呆在一起就很充实，她甚至请林肯也过去。听到新沃德说，如果大家全都目标一致，就不会有战争，这里会成为异人们幸福的星球时，黛西甚至依偎到了新沃德的肩头。神盾局的特工们不无苦恼地注意到了黛西跟从新沃德后很快乐。因为新沃德能刺激宿主大脑中的快乐中枢。大家商量着想要寻求除寄生虫的博士帮助，来救回黛西。菲尔知道新沃德正在组建异人军队，怕被蜂巢控制的黛西，会带着

新沃德对黛西和其它追随他的异人们，讲述了他当年被克里人捕获后做实验的经过。新沃德还说，克里人也改造了异人们的祖先。所以，这些人建立了九头蛇，迎接他的归来。现在，他要回报这些人的忠诚，在他们身上重现当时克里人的实验。菲兹研究出了能抗蜂巢毒素的物质，这是能救回黛西的唯一办法了。可是，克蒙斯又又担心使用过程中会造成黛西出现其它不好的症状。林肯听了，主动要求要自己身上先做实验。但菲尔得知如此做可能会摧毁被实验者免疫系统的风险后，命令菲兹另外寻找办法。他不想失去林肯这个神盾局新加入的特工。林肯见多说无益，为救黛西，他自己注射了抗毒素。菲尔和迈克居然通过神盾局的系统，寻找到了黛西踪迹。菲尔认为这是陷阱，而迈克却感情用事地以为也许黛西故意这样做，好让昔日的同事前去救她。菲尔尽管一直将黛西视作自己的女儿，但

格伦代表总统来跟菲尔谈话。总统希望神盾局能走入公众视野，这就需要菲尔将神盾局信息透明公开，包括下辖的所有异能人士。这对异能人士来说是很危险的，因为公众对他们的仇恨不知何时便会点燃，这无异于将他们置于险地。菲尔决定说服他。他这次毫无保留地带他参观基地。但当格伦看到鞭笞时，却突然间愤怒起来。菲尔告诉他，鞭笞的存在是有用的，也许他就是为了杀蜂巢而出现的。菲尔还让西蒙斯告诉了格伦所有真相。格伦了解到了蜂巢正在行动，他已掌握了将人快速转化成异人的办法。博士抽取了黛西的血液，用于制造异人。黛西尽管失血过多，但她依然十分乐意，甚至不惜为此献出生命。这一次，博士没有让蜂巢失望，他将人转化成了异人，但因为某种因素没有控制好，新转化的异人极其丑陋，可蜂巢显然对此很满意。他告诉博士不必改进，就这样造出大批量的异人

迈克埃琳娜和梅驾驶飞行器赶往太平洋地区美军发射井，他们想抢在蜂巢赶到之前。因为那儿的导弹发射装置，很可能被蜂巢用来高空散播病毒，感染正常人转化成被他控制的异人。但五小时前，发射井的工作基地人员就已经失联。情况紧急，格伦向国防部高官索要停止发射的代码，高官不同意，而要因循守旧地按程序来，如果真的那样做，得耗时两周。在他们视频谈话时，菲茨根据谈话内容，将代码存放地址通知了菲尔，并假扮高官通知下属将代码交给菲尔。迈克他们已在发射井降落，他们抱着不成功便成仁的决心。千钧一发之际，发射被及时中止。愤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面让博士想办法解决发射问题，一面决定报复神盾局。林肯以身犯险，将蜂巢引到迈克所在的地方。迈克安装了专门对付蜂巢的装置。他们想用这装置烧坏蜂巢的大脑。趁蜂巢陷入混乱之时，他们赶

黛西跪求蜂巢重新接纳自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他将手放到黛西脸颊，但马上又抽回了手。因为他发现黛西有了免疫力。黛西趁其不备，对他发动了攻击，但最终被营救蜂巢的詹姆斯等人擒获并带走。留在神盾局的原始异人们继续对神盾局的人进行攻击，埃琳娜为了保护迈克中弹倒下了。这些异人们唯一的缺陷是视力差，聪明的西蒙斯发现这点后，调高了温度，这些异人们于是变成了睁眼瞎。梅和菲茨进了和风，菲茨机智地击毙了吉耶拉，并救出了黛西。蜂巢让詹姆斯找到他们。菲尔也驾机追了过来，为了避免更多特工们受伤，他留下了迈克他们，独身前去配合梅和菲茨。但队员们显然不甘自己怕局长如此受伤，最终他们设下了更好的计谋。当菲尔出现在蜂巢面前时，蜂巢从新沃德的样子变回本相，因为他迫不及待地想占有菲尔的身体和记忆，从而以菲尔的面目出现，号令神